Prva mu je supruga bila Kolumbijka Ximena, s kojom ima kćer, danas 27-godišnjakinju. Zanimljivo je da mu prva supruga i danas na Facebooku pruža podršku. Posebno je bila aktivna na dan oslobađajuće presude.
Gotovina ju je navodno upoznao nakon što je izašao Legije stranaca, kada se zaposlio kao vojni instruktor za francusko ministarstvo obrane u Južnoj Americi.
Ostala je zabilježena i njegova burna veza s hrvatskom novinarkom, ratnom reporterkom Vesnom Karuzom, koja je započela tijekom operacije Maslenica. Iako se nisu vjenčali, iz te veze Gotovina ima kćer, koju je priznao i skrbi o njoj, a Karuza je u dobrim odnosima s Gotovininom drugom suprugom, Dunjom Zloić, nekadašnjom suradnicom ministra obrane Gojka Šuška. S njom se oženio neposredno pred početak Oluje, krajem srpnja 1995. godine, odmah po završetku akcije Ljeto '95.
Dunja i Ante Gotovina imaju sina, Antu, rođenog 1997. godine.
