Osim što je Milan Bandić dva desetljeća bio prvi čovjek Grada Zagreba, bio je i čovjek s debelim spiskom kaznenih prijava. Više od 250 kaznenih prijava podneseno je protiv njega, ali njegovi prvi pravi problemi s pravosuđem Republike Hrvatske počeli su 2014. godine.
Točnije 19. listopada kada je uhićen s većim brojem svojih suradnika u aferi koja je kasnije postala poznata kao afera Agram.
Afera Agram
Bandić je zbog ove afere proveo neko kratko vrijeme u istražnom zatvoru, a izašao je uz jamčevinu od 15 milijuna kuna. Milijune je uplatio njegov tadašnji odvjetnik Marijan Hanžeković, a za njih je morao podići kratkoročni kredit.
Neko kratko vrijeme gradonačelnik Zagreba je bio na slobodi, ali je ponovno završio u istražnom zatvoru. Razlog je bio sumnja da je pokušao utjecati na svjedokinju Vidu Demarin. Tada ga nije iz zatvora izvukala jamčevina, već Ustavni sud koji je zaključio da Bandić ima pravo braniti se kako hoće.
U aferi Agram uz Bandića, optuženi su bili i Slobodan Ljubičić, Petar Pripuz, Željko Horvat, Ivan Tolić, Ivan Markušić, Filip Čulo, Miljenko Benko, Ines Bravić, Koraljka Rožanković Uremović, Branko Mihaljević, Vidoje Bulum, Miro Laco, Zdenko Antunović, te Dragutin Kosić i Ante Dodig. Oni su, naime, prije početka suđenja priznali krivnju te su se tako i nagodili s USKOK-om.
USKOK Bandića i ostale tereti za niz kaznenih djela. Za početak to je zamjena zemljišta, zbrinjavanje otpada, a među optužbama se može pronaći i ona za nezakonito korištenje službenih vozila u privatne svrhe te nezakonito zapošljavanje.
Optužnica
Protiv gradonačelnika optužnica je podignuta 11. prosinca 2015. godine. Već sljedeće godine, 2016., na prvoj sjednici optužnog vijeća sud je uvažio zahtjeve obrane da se iz dokaza izdvoje tajne snimke kao nezakoniti dokaz.
Po žalbi USKOK-a, spis ide na Vrhovni sud koji je iste godine u prosincu odlučio da su snimke ipak zakonit dokaz. Dio optužnice u 2018. godini je potvrđen, a dio je ipak vraćen USKOK-u zbog dopune istrage. Kako optužnica nije potvrđena u roku od dvije godine od podizanja, Milan Bandić izborio se za deblokadu imovine. U listopadu iste godine počelo je suđenje za potvrđeni dio optužnice, međutim u ožujku sljedeće godine, 2019., istraga je obustavljena za dio optužbi koji se odnosi na plaćanje poreza. Tako je dio koji se odnosi na zbrinjavanje otpada, u kojem je suoptužen bio i Petar Pripuz, ponovno vraćen Uskoku kako bi nadopunili istragu.
U siječnju prošle godine taj je dio optužnice pripojen glavnom predmetu. Suđenje još uvijek traje, a trebalo je biti nastavljeno idući tjedan. Sada će postupak protiv glavne glave Grada Zagreba biti obustavljen.
Afera Štandovi
Još jedna značajna afera obilježila je Bandićevu političku karijeru. U aferi Štandovi teretilo ga se za pogodovanje udruzi "U ime obitelji." U listopadu 2018. godine je sa suoptuženicima Zdenkom Palac i Ivicom Lovrićem nepravomoćno oslobođen optužbi. Presuda još nije pravomoćna jer Vrhovni sud nije raspravljao o žalbama niti je sazvao javnu sjednicu.
Od listopada 2019. godine kada je Bandić ponovno uhićen, pokrenuto je niz postupaka što protiv njega samoga, što protiv njegovih suradnika. Desetak optužnica je podignuto, a u nekim od postupaka, Bandić je bio samo svjedok. Nešto je okončano nepravomoćno, ali većina suđenja još uvijek traje.
