Rustempašić je 2012. godine osuđen na četiri i po godine za terorizam i udruživanje radi počinjenja kaznenih djela. Bio je to tada drugi slučaj presude za terorizam u BiH.
Bio je u kontaktu sa povratnicima iz Sirije
Rijad Rustempašić je, između ostalog, upravo osuđen za planiranje napada na kasarnu u Rajlovcu. Dio njegove grupe bio je Muhamed Meco, zet Enesa Omeragića koji je nedavno kod vojarne u Rajlovcu ubio dvojicu bh. vojnika. Poznato je i da je Meco ratovao na sirijskom ratištu.
Osim ovoga na popisu meta o kojima su članovi grupe raspravljali, prema optužnici, nalazila su se "hrvatska mjesta za vrijeme Božića, napad na 'Vlase' tokom pravoslavnog Božića, napad na LOT timove EUFOR-a na teritoriji Bugojna, i druge objekte, javlja depo.ba.
Rijetke snimke al Kaide
Snimci predstavljeni na izricanju prvostupanjske presude Rustempašiću, jasno govore o njegovoj vezi s globalnim terorističkim organizacijama. Zaplijenjeni su rijetki videozapisi al Kaide iz 2001. godine koji nikada nisu distribuirani.
Nedžad Korajlić, dekan Fakulteta za kriminalistiku UNSA, kaže da je iluzija da samo zatvor rehabilitira osuđenika.
Država se mora uključiti u rehabilitaciju, u protivnom intenzitet zabranjenog ponašanja nakon izvršenja kazne može biti i veći.
S obzirom na dosadašnju praksu služba sigurnosti, takve osobe ipak budu pod nekom vrstom nadzora.