Znanstvenica Rosa Karlić s Zavoda za molekularnu biologiju sekvencirala je virus SARS-Cov-2, a u Novom danu N1 televizije govorila je o novoj mutaciji koronavirusa. Govoreći o mutacijama, Karlić je rekla kako su one normalan slijed u životnom ciklusu virusa. "Neke mutacije mogu biti pozitivne za virus, neke negativne za nas, a mogu biti i neutralne. Kada govorimo o novim sojevima, smatra se da mijenjaju protein šiljak koji služi za ulaz virusa u stanice i čine ga infektivnijim i dovode do toga da se on lakše prenosi među ljudima", rekla je Karlić za N1.
Također, znanstvenica je pojasnila i sam proces sekvenciranja virusa. "Postoji više načina na koji se može provoditi sekvenciranje. Tu je sekvenciranje prve generacije, koje se radi već 50 godina i jeftinije je, no njime se može sekvencirati manji dio virusa – manje su protočne. U našem istraživanju smo radili sekvenciranje druge generacije, koje se provodi u zadnjih 15 godina, gdje možete sekvencirati puno dijelova virusa, i puno kompliciranijih genoma, pa na temelju toga doći do spoznaje koje su mutacije nastale u određenom virusu", pojasnila je Karlić.
Britanski soj virusa
Karlić je rekla kako je oznaka B117 uvedena kako bi se pratile različite sekvence virusa. "Različiti sojevi označeni su drugačije, pa oznaka znači daljnje grananje virusa. Oznake nakon nekog vremena mogu postati jako komplicirane", kazala je. Budući da se Karlić bavi bioinformatikom, dio njenog posla obuhvaća analizu podataka koji dolaze sa sekvenciranja. "Sa sekvenciranjem nove generacije, dio analize podataka jedan je od uskih grla u dobivanju rezultata. Mi smo preuzeli eksperimentalne podatke koje su napravili na Ruđeru i Centru za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja Ivan Vučetić. Analizirali smo podatke i vidjeli gdje se nalaze mutacije u odnosu na virus koji se javio u Wuhanu", rekla je znanstvenica.
Mjerenje zaraznosti
Zaraznost je moguće mjeriti na više načina, a Kaarlić je pojasnila neke od njih. "Prvi pristup je praćenje epidemiološke situacije, pa epidemiološkim analizama i statistički se utvrđuje je li neki soj prisutniji u populaciji nego što se nasumično očekivalo. U JAR su brzo došli do toga da su svi sekvencirani uzorci bili od novog soja", rekla je.
Također, mjerenju zaraznosti može se pristupiti i računalnom modeliranju s obzirom da je poznata struktura virusa i spike proteina. "Možete mapirati mutacije na strukturu spike proteina i računalnim modeliranjima utvrditi bi li ta promjena strukture dovela do boljeg vezivanja spike proteina za receptor. Potom bi se trebalo ići u eksperimentalna ispitivanja, da se u praksi potvrde", rekla je Karlić. Dodala je kako se u jednom radu navodi mogućnost brzog širenja tog virusa, no istuče kako je to potrebno eksperimentalno potvrditi.
Razlika između SARS-a i Covida-19
Za kraj je rekla kako je razlika između SARS-a, MERS-a i covida-19 velika premda ih sve uzrokuju koronavirusi. "SARS i MERS su se širili u ograničenoj populaciji. Od 2012. godine do danas zabilježeno je oko 2500 infekcija MERS-om, no on ima smrtnost od 30 posto. SARS je u tom periodu zabilježen oko 10.000 puta, a covid-19 sto milijuna u godinu dana, pa je jasno da je imao veće šanse za mutacije. On nastambom u tijelu može napraviti mutaciju. Važno je pratiti što se događa i sekvencirati što veći dio uzoraka da bi vidjeli kako dolazi do mutacija. Sada se pokušava što više pratiti razvoj situacije i to je ključno za zaustavljanje pandemije", zaključila je znanstvenica Karlić.
Situaciju s koronavirusom u Hrvatskoj i svijetu iz minute u minutu možete pratiti OVDJE.
