Presudu je izreklo vijeće Županijskog suda u Zagrebu na čelu sa sucem Zdravkom Majerovićem. Tijekom suđenja mijenjana je i optužnica prema kojoj je Merčep prvotno odgovarao za izdavanje zapovijedi za zločine nad civilima, da bi mu kasnije bilo stavljeno na teret to što svoje podređene nije spriječio u mučenju i ubojstvima zatvorenika u Pakračkoj Poljani.
Još troje se vodi nestalima
U Pakračkoj Poljani ubijeno je 40 osoba, nestalo je njih troje, dok ih je šestero preživjelo mučenja i zlostavljanja. Na popisu 43 žrtve zbog kojih je optužen Merčep nalaze se i članovi obitelji Zec, koje su 1991. godine ubili MUP-ovi rezervisti. Supružnici Mihajlo i Marija, te njihova malodobna kći Aleksandra ubijeni su u prosincu 1991. godine, a ubojice su vrlo brzo uhvaćene. Međutim, unatoč priznanjima, zbog proceduralnih pogreški su svi pušteni na slobodu.
Ovaj sudski proces trajao je četiri godine, a sudsko vijeće ispitalo je brojne svjedoke među kojima su bili Ivan Jarnjak, Ivan Vekić, Josip Perković, Vladimir Šeks i Smiljan Reljić, kao i nekolicina onih koji su preživjeli mučenja u Pakračkoj Poljani u drugoj polovini 1991. godine.
'Merčep je bio autoritet'
Nakon izručenja iz Perua Igor Mikola, koji je bio pripadnik Merčepove postrojbe, na sudu je izjavio da mu je u Pakračkoj Poljani zapovijedao tadašnji ministar unutarnjih poslova Ivan Vekić, a ne Merčep koji je bio savjetnik. "I na području Pakraca zapovjednik mi je bio Vekić koji je s nama komunicirao preko Merčepa, koji kao savjetnik nije mogao zapovijedati", kazao je.
Za Merčepa je rekao da je u postrojbi bio "moral, a njemu osobno i autoritet". Ljudi su ga poštivali i uvažavali, ali ne mogu reći jesu li ga slušali", kazao je Mikola.
Iako je u intervjuu Feral Tribuneu 1997. godine optužio Merčepa za zločine u kojima je i sam sudjelovao, Miro Bajramović, koji je godinama izbjegavao pojavljivanje na sudu, izjavio je da Merčep u Pakračkoj Poljani nije zapovijedao. I on je, kao i Mikola, potvrdio da je Merčep tek imao određeni autoritet.
