Vasiljković je iznio obranu, ali nije želio odgovarati na pitanja sudskog vijeća, optužbe i obrane. Kazao je da je cijeli sudski proces "opsesivno fašistički progon", a nakon što ga je sudac Damir Romac upozorio da ne vrijeđa nastavio je da od procesa ne bi ostalo ništa "kada bi isključili fašizaciju Hrvatske".
Odbacio je tvrdnje da je ikada imao veze sa zatvorom na kninskoj tvrđavi upitavši kako netko može biti ratni zarobljenik prije rata s obzirom da je rat u Knin došao 1995.
"Ja sam dao prijedlog da se zatvor izmjesti i napravi mokri čvor. Ne znam kome je palo napamet da me predstavi kao čuvara zatvora kada je tamo bilo toliko puno policije. Želim reći kako sam 12 godina zatvoren od čega 11 godina bez optužnice. Oduzeli su mi 12 godina života. Čak su i Alojzija Stepinca držali u kućnom pritvoru, a ja sam 12 godina u zatvoru", kazao je Vasiljković.
U svojoj je obrani kazao i da je Glinu napustio 27. srpnja u 14 sati, a u optužnici ga se tereti da je djela počinio 30. srpnja. Istaknuo je kako je "komično" sve ono što o tom slučaju pišu novine.
"Veće su šanse da sam zapovijedao Anti Gotovini nego JNA. Pa oni su mene mrzili. Ne samo da nisam počinio ratni zločin nego se zapitajte zašto sam postao to što jesam", rekao je Vasiljković na kraju svoje obrane.
Vasiljković je optužen da je kao zapovjednik Jedinice za posebne namjene u sastavu paravojnih srpskih postrojbi, odnosno zapovjednik Nastavnog centra za obuku pripadnika specijalnih postrojbi Alfa, postupao protivno odredbama Ženevske konvencije. Na teret mu se stavlja da je tijekom lipnja i srpnja 1991. u zatvoru na kninskoj tvrđavi te tijekom veljače 1993. u Bruškoj kod Benkovca mučio, zlostavljao i usmrćivao zarobljene pripadnike hrvatske vojske i policije.
Uz to je optužen i da je tijekom srpnja 1991. u Glini, u dogovoru sa zapovjednikom tenkovske jedinice JNA, izradio plan napada na tamošnju policijsku postaju te prigradsko naselje Jukinac, sela Gornji i Donji Viduševac, a potom i njihovo zauzimanje. Tijekom napada su oštećeni i uništeni civilni objekti, stanovništvo natjerano na bijeg, opljačkana je imovina, a ubijeni su i ranjeni civili od kojih i jedan strani novinar.
