Zbog uhićenja u Španjolskoj 7. prosinca 2005. kasnila je sjednica vlade, a tadašnji premijer Ivo Sanader potvrdio je da će Ante Gotovina taj dan biti prebačen s Tenerifima u Madrid, a potom izručen Haagu.
Gotovina je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu.
Scena uhićenja Gotovine, dok je večerao u restoranu luksuznog hotela obišla je svijet, kao i informacija da je da je najtraženiji hrvatski optuženik za ratne zločine, koji je bio glavna zapreka za početak pregovora Hrvatske i EU, kod sebe imao lažnu putovnicu.
Odbio primiti optužnicu
Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u lipnju 2001. podigao je optužnicu protiv Gotovine, tereteći ga za ratne zločine počinjene protiv srpskih civila i njihove imovine počinjene tijekom i nakon operacije Oluja, konkretno od kolovoza do studenoga 1995.
Prvotna optužnica protiv Gotovine potvrđena je 8. lipnja 2001., a otpečaćena dvadesetak dana kasnije, no Gotovina ju je odbio primiti i dao se u bijeg.
U izmijenjenoj optužnici iz 2004. stajalo je da je Ante Gotovina, zajedno s Ivanom Čermakom, Mladenom Markačom i prvim predsjednikom države Franjom Tuđmanom sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu, čiji zajednički cilj je bio prisilno i trajno uklanjanje stanovnika srpske nacionalnosti iz tzv. Krajine, između ostalog pljačkanjem, oštećivanjem ili potpunim uništavanjem imovine srpskog stanovništva, kako bi ih spriječilo da se vrate i ponovno nastane u mjestima u kojima su živjeli.
Od samostana do Tenerifa
Od podizanja optužnice do uhićenja Gotovina je bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Spekuliralo se o brojnim lokacijama kao mjestom njegova tajnog prebivališta, a najčešće se spominjao samostan u BiH zbog čega je intervenirao i Vatikan. Gdje je točno bio, te tko je njega i njegovu obitelj u Hrvatskoj financirao, možemo samo nagađati.
Suđenje za udrženi zločinački pothvat
Suđenje Gotovini, Markaču i Čermaku počelo je 11. ožujka 2008. Pred haškim Tribunalom izjasnili su se da se ne sjećaju krivima. Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a oslobođen je odgovornosti za prisilno premještanje.
Sloboda umjesto 24 godine zatvora
Žalbeno vijeće Haaškog suda 16. studenog 2012. na temelju žalbi obrane oslobodilo je generale Antu Gotovinu i Mladena Markača svake odgovornosti za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu i zločine počinjene tijekom i nakon operacije Oluja tako. Tako je srušena prvostupanjska presuda kojom su bili osuđeni na 24 odnosno 18 godina zatvora. Vijeće je zaključilo da dvojica generala ne mogu biti ni alternativno odgovorna kao pomagači u udruženom zločinačkom pothvatu, a ni zbog propusta kao zapovjednici.
Istoga dana Gotovina i Markač vratili su se u Hrvatsku, gdje ima je priređen doček. U zagrebačkoj zračnoj luci dočekali su ih obitelji, suborci i premijer Zoran Milanović.

ŠKRT NA RIJEČIMA, ALI OPTIMISTIČAN: General Gotovina komentirao aktualnu političku situaciju