Papa Franjo će u Hrvatskoj ostati upamćen prvenstveno po svojoj odluci da odgodi kanonizaciju već blaženog Alojzija Stepinca, ali i po njegovim pozitivnim porukama vjernicima, naglasku na ekumenizmu i socijalnoj pravdi. Iako nije posjetio Hrvatsku, njegov pontifikat je značajno utjecao na crkveni i društveni život u zemlji.
Papa Franjo je 2016. zaustavio proces kanonizacije blaženog Alojzija Stepinca, koji je započeo njegov prethodnik, papa Benedikt 16., a kojega je sveti Ivan Pavao Drugi proglasio blaženim u Mariji Bistrici 3. listopada 1998. Umjesto da odmah proglasi Stepinca svetim, osnovao je mješovitu katoličko-pravoslavnu komisiju kako bi se istražile primjedbe Srpske pravoslavne crkve, što je izazvalo nezadovoljstvo u Hrvatskoj u kojoj smatraju da je Stepincu priređeno montirano suđenje jer se nakon Drugog svjetskog rata nije htio odreći Rima i pape i osnovati hrvatsku katoličku crkvu. Iako je papa Franjo jasno dao do znanja da osobno Stepinca smatra svetim, nazivajući ga 'čovjekom velikih kreposti' i ističući njegovu hrabrost u teškim vremenima, važniji mu je bio dobar odnos s pravoslavnim čelnicima. Tijekom svog pontifikata ranije se više puta susretao s hrvatskim biskupima, vjernicima i političarima, posebno je ohrabrivao mlade, obitelji i siromašne, naglašavajući važnost kršćanskih vrijednosti u društvu
